仲志余提到，长江水监测体系缺乏顶层设计，导致重复建设。现有的各类专业监测站网在传统体制下形成，分属于各个部门，基本上按照专业分工和职能需求，“谁需要、谁建设、谁管理”。由于缺乏统一规划和管理，致使测站功能单一，重复建设，资源利用率低，管理效率不高。此外，长江流域还存在监测站网布局不均，有监测空白的情况。

　　2021年3月1日施行的《中华人民共和国长江保护法》规定：国家长江流域协调机制应当健全长江流域监测网络体系和监测信息共享机制。仲志余认为，落实这一要求应当编制涉水监测体系总体规划，各部门遵循总体规划，按照职责分工开展监测工作，避免重复建设。制定统一的建设标准和技术规范，构建系统、全面、完整的、全方位多层次综合监测体系。在部门之间、区域之间建设一张高效顺畅的综合监测网，协同一体管理。充分发挥流域机构现有测站点多、线长、面广、时长的作用，以综合监测示范站南京大胜关、长江口徐六泾水文水质自动监测站为典型，按“共建、共管、共享”模式建设， 实现一站多能、综合监测。